Cette organisation m'est tout à fait personnelle et a été testée sur l'espace de quatre années. Mais si elle peut vous aider...

Dans mon coffre de voiture, j'ai quatre classeurs: 

La mallette du remplaçant qui regroupe les écrits qui peuvent me servir dans tous les niveaux (calendrier de l'année scolaire, BO, évaluations diagnostiques, progressions types, cahier journal,...)ainsi que mes fiches « tableau de bord » dont je vous ai parlé précédemment.

Un classeur "Cycle I" dans lequel j'ai glissé des coloriages (magiques aussi), des mandalas, deux ou trois pages de jeux de doigts en cas de "trous". J'ai aussi trois CD (comptines, histoires racontées, musiques pour expression corporelle lors de la séance d'EPS). Des fiches dans les différents domaines et sur différents thèmes (Noël, l’hiver, le printemps, Pâques…)

Un classeur "Cycle II / Cycle III" dans lequel j'ai préparé des exercices de maîtrise de la langue (Lecture, Observation de la langue...) et de mathématiques. J'ai pris la peine de prévoir plusieurs exercices de mathématiques, des mots fléchés ou codés. Sans oublier les coloriages, une poésie (avec des pistes de travail).

Un classeur "Cycle II / Cycle III" qui regroupe des activités de Découverte du Monde (Histoire, Géographie, Monde du Vivant…) et d’Arts Visuels ainsi que quelques séances d’EPS.

J'ai aussi un sac de sport avec des baskets, un tee-shirt, un maillot de bain et une serviette : on ne sait jamais. 

Inutile selon moi de modifier ces classeurs à chaque période : ce sont des classeurs d’urgence pour tenir entre 1 et 4 jours. Au-delà, il est indéniable que vous aller devoir piocher dans vos réserves à la maison le soir, voire chercher de nouvelles activités en rapport avec la programmation actuelle de la classe.

Travailler avec des fiches Journée-Type pour chaque niveau peut rassurer certaines personnes mais peut aussi vous déstabiliser lorsque l’organisation de l’école ne se prête pas à ce que vous aviez prévu (décloisonnement, disponibilité des installations EPS, intervenant extérieur, etc...). Etre ZIL, c’est savoir s’organiser et improviser tout en restant dans le cadre des programmes et, dans la mesure du possible, dans la progression du Titulaire remplacé.

Quelques astuces :

• Chaque professeur a sa façon de paginer ses cahiers, de souligner ou pas les titres des leçons... Désignez un élève dans la classe qui devra rappeler les règles de présentation à ses camarades (et à vous par la même occasion). 
• Je ne démarre jamais la journée par un coloriage magique. Je les mets directement au travail, cela évite que les élèves ne se sentent pas "pris en main". Je garde les coloriages pour la fin de la journée, avec les lectures offertes. En arrivant sur une classe le matin même ou en cours de matinée, la première chose que je fais est l’appel et je leur fais faire une petite affichette à poser sur leur table comportant leur prénom. C’est quand même mieux de pour voir appeler un élève par son prénom que de dire "Eh toi ! Avec ton pull rouge". Ensuite je vérifie s’il y avait des devoirs et j’en fais la correction : il est important que les élèves voient qu’il y a un suivi de leur travail. J’en profite pendant ce temps pour observer les affichages (référents, documents administratifs, etc…). Puis je lance les élèves sur une activité de maths "improvisée" (calcul posé, numération…) ou des exercices de conjugaison et de grammaire directement écrits au tableau, ce qui me laisse une vingtaine de minutes pour les observer et regarder leurs cahiers afin de cerner où ils en sont arrivés et ce que vais pouvoir leur proposer. Il peut arriver que des séries de fiches dans différentes matières aient déjà été prévues par le Titulaire remplacé : elles ne sont pas forcément là à votre attention (surtout si l’absence n’était pas prévue) mais n’hésitez pas à les utiliser.
• J'ai mis dans mon sac des aimants, de la pâte à fixe, un tampon encreur pour la date, une agrafeuse, des marqueurs. Et croyez moi, ils me dépannent à chaque fois.
• A la récréation je me renseigne auprès des collègues sur les élèves de ma classe afin de cerner directement les « cas difficiles ».